\documentclass{article}
\usepackage{graphicx} % Required for inserting images

\title{Latexkurs Intro}

\input{usepackage}    
\input{Matlabstyle}
\addbibresource{references.bib}
\begin{document}

\maketitle

\section{Introduktion}
I detta dokumentent finns det exempel på hur man skriver diverse olika saker i \LaTeX. 

\LaTeX är ett typsättningssystem som ni kommer använda en hel del för att skapa olika typer av rapporter, t.ex. labbrapporter och kandidatarbetet. Det är därför väldigt viktigt att ni bekantar er med hur \LaTeX fungerar för att det ska bli lätt för i framtiden.

Är du osäker på hur du ska göra något så kan du bara kopiera det du söker från detta dokument och ändra det lite så att det blir rätt för dig.

\section{Text}

\textbf{Detta är fetstil}

\emph{Detta är kursivt}

\subsection{Rubriker}
I en rapport så kommer ni använda er av en hel del rubriker för att dela upp texten i olika delar. Detta görs på detta sätt. (Obs! Nu är det mer hjälpsamt om ni kollar i "Code Editor" till vänster $\leftarrow$)

\subsubsection{Detta är en underunderrubrik}
För de största rubrikerna  används "section", för underrubriker används "subsection" och för vidare underrubriker används "subsubsection".

\subsection{Symboler}
Ibland kan ni behöva skriva ut olika symboler i texten, oftast i samband med olika mattematiska ekvationer ni använder. För att infoga en symbol mitt i vanlig text så görs detta lättast genom att skriva ut de i s.k. "math-mode". För att skriva i math-mode så skriver ni bara ut eran text mellan två dollartecken \$.

Exempel: $\tau$ är en grekisk bokstav som uttalas "tau". Detta är en pil som pekar till vänster $\leftarrow$. Och denna pekar till höger $\rightarrow$. Jag vet inte ens vad detta är men den hade ett roligt namn $\succnapprox$.

\subsection{Källor}
I era rapporter kommer ni behöva referera till olika saker, det kan vara böcker, hemsidor eller andra rapporter. Det ni behöver då är ett referensbibliotek (references.bib).

I detta biblioteket kan ni då skriva in alla era källor som ni använder och sedan smidigt referera till dem via "\textbackslash cite\{källa\}"

Exempel: Här är en referens till något som någon smart sa en gång \cite{KfKb}.



\section{Matte}

\subsection{Lite grundläggande saker}
Som nämnt ovan kan man skriva text mellan två dollartecken (\$). Denna texten är då i "math-mode" som är ämnat för att formatera ekvationer så att de blir snygga och lättlästa. Här nedan följer några lätta exempel:

$\frac{a}{b} \cdot \frac{c}{d} = \frac{ac}{bd}$\\
$\frac{\frac{a}{b}}{\frac{c}{d}} = \frac{ad}{bc}$\\
C$_{Tot}^{Gas} = 5 \cdot 10^{-3}$ mol



\subsection{Ekvationer}
För att skriva större ekvationssystem så kan ni använda en array:

$\left \{ \begin{array}{ll}
 \text{Hitta }  U \in V_{h} \text{ sådan att} \\ \\
 \displaystyle\int_{0}^{L} \dot{U}\chi dx + c\int_{0}^{L} U'\chi \;dx + D\int_{0}^{L} U'\chi' \;dx + v(L)(k_{L}U(L,t) - cU(L,t)) + v(0)(k_{0}U(0,t) + cU(0,t)) \\ = \int_{0}^{L} f\chi \;dx \quad \forall  \chi \in V_{h}
\end{array} \right. $ \\ 

Notera även att det finns lite vanlig text med i detta ekvationssystemet. För att skriva vanlig text i math-mode så kan man använda en text-tagg (\textbackslash text\{"vanlig text"\}) denna texten kommer då formateras som vanlig text och man kan lätt fortsätta skriva i math-mode efter den.

Om du vill dela upp långa ekvationer kan du göra det såhär
\begin{align} 
\begin{split}
(x+y)^3 	&= (x+y)^2(x+y)\\
&=(x^2+2xy+y^2)(x+y)\\
&=(x^3+2x^2y+xy^2) + (x^2y+2xy^2+y^3)\\
&=x^3+3x^2y+3xy^2+y^3
\end{split}					
\end{align}

För riktigt stora och komplicerade ekvationer kan det ibland vara lättast att skriva allting i en ekvations-tagg (\textbackslash begin\{equation\} $\dots$ \textbackslash end\{equation\}). Då kan det se ut som följande:

\begin{equation} \label{ekv: Summor}
   \sum_{j=0}^{m+1} \Vec{\dot{\xi_{j}}}(t) \underbrace { \Bigl (\int_{0}^{L} \varphi_{j}\varphi_{i}\;dx \Bigr ) }_{M_{ij}} + c \biggl ( \sum_{j=0}^{m+1} \Vec{\xi_{j}}(t) \underbrace{ \Bigl ( \int_{0}^{L} \varphi_{j}'\varphi_{i}\;dx \Bigr ) }_{C_{ij}} \biggr ) +D \biggl ( \sum_{j=0}^{m+1} \Vec{\xi_{j}}(t) \underbrace{ \Bigl ( \int_{0}^{L} \varphi_{j}'\varphi_{i}'\;dx \Bigr ) }_{S_{ij}} \biggr )
\end{equation}


Referera till ekvationens label istället för numret koden, så uppdateras texten automatiskt allteftersom du lägger in nya figurer exempelvis:\\ I ekvation \ref{ekv: Summor} syns diverse matematiska operationer. (Kolla i koden så ser du hur man skriver referensen)
\subsection{Matriser}

\[ M_{i,j}=M_{j,i}=\left[ \begin{array}{ccc}

\int_{0}^{L}\varphi_{0}^2 & \dots & \int_{0}^{L}\varphi_{m+1}\varphi_0 \\
\vdots & \ddots & \vdots \\
\int_{0}^{L}\varphi_{m+1}\varphi_{0} & \dots & \int_{0}^{L}\varphi_{m+1}^2

\end{array} \right]
=\frac{h}{6}
\left[ \begin{array}{ccccccc}

2 & 1 & 0 & \dots & \dots & \dots & 0 \\
1 & 4 & 1 &  &  &  & \vdots \\
0 & 1 & \ddots & \ddots &  &  & \vdots \\
\vdots &  & \ddots & \ddots & \ddots &  & \vdots \\
\vdots &  &  & \ddots & \ddots & 1 & 0 \\
\vdots &  &  &  & 1 & 4 & 1 \\
0 & \dots & \dots & \dots & 0 & 1 & 2 \\

\end{array} \right]_{(m+2)\times(m+2)} \]

\section{Tabeller}
Tabeller i \LaTeX  är väldigt stilrena och anpassningsbara! Här följer två exempel på hur man kan skriva tabeller. Tabell \ref{tab:PCR1} är standardsättet att skriva tabeller i \LaTeX, medan tabell \ref{tab:results1} utnyttjar paketet \textit{nicematrix}. Det är bara att kopiera mallarna och fylla i!

\begin{table}[H]
    \centering
    \caption{Visar ett exempel på hur en tabell kan se ut.}
    \begin{tabular}{|r|c|l|} \hline \hline
       \textbf{Reactant} & \textbf{Quantity} [$\mu$l] & \textbf{Concentration} \\ \hline \hline
          $H_2O$ & 40.5 & - \\ \hline
         10x Dream Taq buffer & 5 & 1x \\ \hline
         GghA-His\_Dw2 & 1 & 0,2[$\mu$M] \\ \hline
         N220Y-primer & 1 & 0,2[$\mu$M] \\ \hline
         MolBio PLasmid & 1 & \\ \hline
         dNTP mix & 4 & 100 [mM] \\ \hline
         DreamTaq Polymeras & 0.5 & 25 [mU/$\mu$l] \\ \hline
         \textbf{Total volume:} & \textbf{53} & \\ \hline
    \end{tabular}
    \label{tab:PCR1}
\end{table}


\begin{table}[h!]
    \centering
    \begin{tabular}{|l|c|c|c|}
    \hline
        \textbf{Gene} & \textbf{Rep 1 RPKM} & \textbf{Rep 2 RPKM} & \textbf{Rep 3 RPKM} \\ \hline
        A (2 kb) & 5.00 & 7.50 & 17.50 \\ \hline
        B (4 kb) & 5.00 & 7.50 & 17.50 \\ \hline
        C (1 kb) & 5.00 & 8.00 & 17.00 \\ \hline
        D (10 kb) & 0.00 & 0.00 & 0.10 \\ \hline
        \textbf{Total} & 15.00 & 23.00 & 52.10 \\ \hline
        \textbf{Average} & 1.5 & 2.3 & 5.21 \\ \hline
    \end{tabular}
    \caption{RPKM values for genes across three replicates}
    \label{tab:my_label}
\end{table}



\def\arraystretch{1.25}
\begin{table}[H]
\centering
\caption{ANOVA}
\begin{NiceTabular}{||l|c|c||}
\CodeBefore
        \rowcolor{black!15}{2,4}
\Body
\toprule
\textbf{Source of Variation} & \textbf{SS} & \textbf{df} \\ \bottomrule
Hp & 100 & 20 \\ \hline 
Hp & 100 & 20 \\ \hline 
Hp & 100 & 20 \\ \hline 
Hp & 100 & 20 \\ \hline 
\end{NiceTabular}
\label{tab:results1}
\end{table}

Här kommer ett exempel på hur du kan göra en tabell med radbrytningar inuti. Man använder sig då av paket \textit{makecell}.
\begin{table}[H]
    \centering
    \caption{Displays the different tubes, the differences in additions between them, as well as absorbance (340nm) and production rate of ATP in the tubes.}
    \begin{tabular}{|c|c|c|c|c|c|} \hline \hline Tubes&\makecell{Methylviologen\\(50mM)\\20$\mu$L}&\makecell{\ce{NH4Cl}\\(1M)\\10$\mu$L}&$A_{NADPH}$&\makecell{$c_{NADPH}$\\ M}&\makecell{$v_{ATP}$\\ $\mu\:mol/(mg\:Chl\cdot h)$}\\ \hline
        1. & + & - & 0     &0&0\\ \hline
        2. & + & - & 0,1877&$1,0428\cdot 10^{-5}$&$3,33827$\\ \hline
        3. & + & - & 0,1026&$5,70\cdot 10^{-6}$&$1,82475$\\ \hline
        4. & + & - & 0,6674&$3,71\cdot 10^{-5}$&$11,8698$\\ \hline
        5. & - & - & 0,1149&$6,38\cdot 10^{-6}$&$2,04351$\\ \hline
        6. & + & + & 0,0853&$4,7389\cdot 10^{-6}$&$1,51707$\\ \hline \hline
    \end{tabular}
    \label{tab:res}
\end{table}


\section{Figurer}
Här följer exempel på hur man infogar figurer i \LaTeX. Bilderna måste vara nedsparade i filhanteraren till vänster. Ett tips för att vara välstrukturerad är att dela in bilderna i mappar. 
\begin{figure}[H]
    \centering
    \includegraphics[width=0.5\linewidth]{Bilder/ORCA3DG.png}
    \caption{Summary of how the photosynthesis works in the chloroplasts of plants}
    \label{fig:Foto}
\end{figure}

% \begin{figure}[H]
%   \subfloat[][Bildtext.]{\includegraphics[width=0.5\linewidth]{Bilder/bifurcation.png}}\label{fig:bifurcation}}
%   \quad
%   \subfloat[][Bildtext till subfigure. ]{\includegraphics[width=0.5\linewidth]{Bilder/lorenz.jpg}}\label{fig:lorenz}}
% \end{figure}
Nedan följer ett exempel på hur du kan ha två figurer bredvid varandra. 
\begin{figure}[H]
    \centering
    \begin{subfigure}[t]{0.45\textwidth}
        \includegraphics[width=0.9\textwidth]{Bilder/alphahelix.png}
        \captionsetup{width=0.8\textwidth}
        \caption{Alfahelix.}
        \label{fig:alfahelix}
    \end{subfigure}
    \hspace{0.01\textwidth}
    \begin{subfigure}[t]{0.45\textwidth}
        \includegraphics[width=0.9\textwidth]{Bilder/betasheet.png}
        \captionsetup{width=0.9\textwidth}
        \caption{Betaflak.}
        \label{fig:betaflak}
    \end{subfigure}
    \captionsetup{width=0.9\textwidth}
    \caption{Två vanliga sekundärstrukturer hos protein.}
    \label{fig:sekundär_struktur}
\end{figure}

\section{Kod}
För att koden ska fungera så kopierar du även över innehållet i filen Matlabstyle.text, och lägger in det i dokumentet alternativt importerar filen med input-kommandot(Se början av main).
\subsection{Matlab-kod}
\lstset{style=Matlab}
\begin{lstlisting}
Yinitial=[0;0;0];
Sin=40;
global D
Dil=0.01:0.02:0.5;
Yss=[]
for D=Dil;
    [Y]=fsolve(@steadystated2,Yinitial);
    rx=-D*(-Y(1));
    rs=-D*(Sin-Y(2));
    rp=-D*(-Y(3));
    Yadd=[D;Y;rx/rs;-rp/rs];
    Yss=[Yss Yadd];
    Yinitial=Y;
end

subplot(2,2,1);
plot(Dil, Yss(2,:),"g")
title("Biomass at steady state")
xlabel("D(h^-1)");
ylabel("g/l");

subplot(2,2,2);
plot(Dil,Yss(3,:),"r")
title("Substrate at steady state");
xlabel("D(h^-1)");
ylabel("g/l");

subplot(2,2,3);
plot(Dil,Yss(4,:),"b")
title("Product at steady state");
xlabel("D(h^-1)");
ylabel("g/l");

\end{lstlisting}

\subsection{Python-kod}
\lstset{style=Python}
\begin{lstlisting}
import math

f = lambda c: c * math.cos((180*c)/math.pi)
sum: float = 0
sum2: float = 0
a = 0
b = 2
intervall = (b-a)/100

for x in range(1, 101):
    sum += intervall * f(x*intervall)
print(sum)

for x in range(1, 101):
    sum2 += (f(intervall*x) + f(intervall*(x-1)))*intervall/2


print(f"Svaret = {sum2}")
\end{lstlisting}

\end{document}
